Le premier peuplement de Mayotte, situé entre le Vème et le VIIIème siècle, serait d’origine bantoue. Jusqu’au XIIIème siècle, le commerce se développe avec les autres îles du Canal du Mozambique, Madagascar et l’Afrique. Les invasions arabes se succèdent et amènent la culture swahilie et la religion musulmane. Des sultanats rivaux se créent dans l’archipel des Comores.
Les premiers Européens, Portugais et Français, débarquent à Mayotte vers le XVème siècle, et utilisent l’archipel comme point de ravitaillement sur la Route des Indes.
A la fin du XVIIIème siècle et au début du XIXème, Mayotte est le théâtre de troubles violents (razzias d’esclaves par les Malgaches, pillages, guerres de succession, etc.) et la population est réduite à 3 000 personnes.