Mayotte est la plus ancienne île de l’archipel (environ 8 millions d’années) et elle se caractérise par un relief adouci (son plus haut sommet, le mont Bénara culmine à 653 m) du fait de l’érosion et de l’enfoncement de son plateau.
Les traces du volcanisme ancien sont présentes sur l’île : le cratère de Dzaoudzi, occupé par le lac Dziani en Petite-Terre, le cirque de Cavani en Grande Terre. Les côtes, très découpées, forment des caps, des presqu’îles, des baies profondes bordées de mangroves. C’est la forme particulière de l’île qui lui a valu le surnom “ d’île hippocampe ”.
L’île possède l’un des plus grands et des plus beaux lagons du monde, délimité par une barrière de corail longue de plus de 160 km, elle-même coupée par une dizaine de passes.
La végétation luxuriante offre une multitude de plantes à parfums, des arbres fruitiers et de nombreux bois précieux aux essences rares.